OmniOutliner の一般環境設定で自動バックアップ機能をオンにした場合、書類で作業を続けている間、一定の間隔でその時点の書類のバックアップがその書類と同じフォルダ内に "[ファイル名]（自動保存）.oo3" という名前で作成されます。マシンのクラッシュや停電、その他不測の事態が発生した場合はこのバックアップを利用します。ファイルを再び開くと、保存されているバックアップが自動的に読み込まれます。

バックアップ機能をオンにしていると、ファイルのバックアップを実行中に、それをお知らせするインジケータがウインドウの中央に一瞬表示されます。